مجموعه کتابخانه های تخصصی در موضوع های انقلاب اسلامی، علوم قرآنی و اهل بیت در کنار منابع مرجع شامل دایره المعارفها، واژه نامه ها، زندگی نامه ها و دانش نامه ها جهت استفاده پژوهشگران و علاقه مندان به این حوزه ها قرار دارد. در نرم افزار کتابخانه (نرم افزار آذرسا) محل دستیابی به کتاب ها به تفکیک هر کتابخانه تخصصی و گنجینه مرکزی کتاب های چاپی ثبت شده و قابل دسترس است. در این مجموعه  جایگاه های ویژه ای جهت استفاده محققین از این منابع فراهم شده است و کتاب ها به صورت قفسه باز برای استفاده محققین قرار دارند.