مخزن کتاب خانه آستان مقدس حضرت احمدبن موسی الکاظم شاهچراغ (علیه السلام)در طبقه زیرین ساختمان آن واقع شده ودارای 80 قفسه است که گنجایش تقریبی بیش از یک صد هزار جلد کتاب را دارد و به صورت قفسه بسته اداره می شود. کتب موجود بر اساس نظام رده بندی دهدهی دیویی (DDC) منظم گردیده است. پس از ارسال درخواست کتاب کاربران از طریق رایانه های مختص جست و جوی کتاب که در کنار میزهای امانت مستقر است، درخواست به وسیله چاپگر موجود در مخزن چاپ شده و کتاب درخواستی از طریق سیستم بالابرکتاب( تله لیفت) به میز امانت مربوط جهت تحویل به کاربر ارسال می شود.

یکی از فعالیت های بخش مخزن کتاب خانه، اطلاع رسانی و پیشنهاد کتب جدید افزوده شده به گنجینه کتب کتاب خانه از طریق نمایش در ویترین تازه های کتاب می باشد. برای این امر  به صورت متناوب هر 14روز یک مرتبه  تعداد 20 جلد کتاب جدید و یا کتب پر کاربرد جهت پیشنهاد مطالعه به کاربران محترم  به نمایش گذاشته می شود.